无菌清管系统的材料必须严格按照标准来挑选，所用材料在运行条件下必须无毒、不与产品和清洁剂发生化学反应。
无菌清管系统的清管管道、清管器、发射站、回收站等部件以及密封材料所使用的包含不锈钢材料和塑料与弹性体材料两大类。
在食品、乳品和饮料行业，采用不锈钢可确保口感和生理安全，必须避免使用铝、镀镍与镀铬板。
不锈钢材料：
AISI,DIN,AC（铸造产品）等级，主要取决于其耐蚀性，可以根据产品或清洁剂特性来选择材料等级:
1.用于氯化物含量低的产品（有点蚀风险）：AISI-304或DIN1.4301
2.用于含氯化物的产品，中等温度（＜60℃）（有应力腐蚀裂纹风险）：AISI-316或DIN1.4401;AISI-316L或DIN1.4404
3.用于含氯化物的产品，高温（60-150℃）（无应力腐蚀裂纹风险）：AISI-410或DIN1.4006;AISI-409或DIN1.4512;AISI-329或DIN1.4460;耐热镍铬铁合金825。
对使用塑料及弹性体材料的，FDA中有相关建议。
塑料与弹性体:
1.聚丙烯PP
2.聚氯乙烯PVC
3.高密度聚乙烯PE
4.聚四氟乙烯PTFE
5.丙乙烯单体二烯EPDM
6.丁腈橡胶NBR
7.硅橡胶VMQ
8.氟橡胶FKM
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